EDS扫描电镜的稳定性受电子源寿命、光路系统设计及环境适应性等多方面因素影响，以下是具体分析：
电子源(如灯丝)是影响EDS扫描电镜稳定性的关键部件。以钨灯丝为例，其使用寿命较短(约80~100小时)，需要频繁更换，这可能导致光路系统受污染，进而影响设备分辨率和稳定性。而采用CeB6灯丝的设备，如飞纳台式扫描电镜，其灯丝使用寿命可达2958小时，显著减少了更换频率和污染风险，从而保证了设备的长期稳定性。
光路系统的设计和维护也对设备稳定性有重要影响。电子枪栅极到阳极区间是受阴极蒸气污染较为严重的区域，需要定时清理以维持电镜的良好状态。如果清理操作不当或环境灰尘较多，可能导致光路系统的二次污染，进而影响设备性能。而一些设备通过一体化设计，如飞纳电镜的灯丝到达寿命后更换整个电子枪(包含全新的韦氏帽和阳极)，实现了光学系统免维护，进一步提高了设备的稳定性。
此外，设备的工业设计和环境适应性也是影响稳定性的重要因素。优秀的工业设计可以减缓分辨率随使用时间的衰减，而适应不同环境条件的能力则确保了设备在各种应用场景下的稳定性。
